A Sziget szervezői idén is nagy gondot fordítottak a környezetvédelemre. A Hajógyári-sziget több pontján felállított szelektív hulladékgyűjtők mellett, 500 férőhelyes kerékpártároló kialakításával, busz- és hajójáratok indításával ösztönözték a fesztiválozókat, hogy ne autóval közelítsék meg fesztivált. A zajmegelőzés érdekében 11 óra után fedett és hangszigetelt színpadon folytatódtak a koncertek. A szálló por csökkentése érdekében a színpadok táncterein és a fontosabb útvonalakon a járófelületekre porvédő burkolást telepítettek.

Tóth Tibor a Sziget Kft. program- és szolgáltatásfejlesztési vezetője elmondta, hogy a fesztivál alapvetően az alapján alakítja ki a környezetvédelmi programját, hogy milyen összetételű hulladék termelődik. A gyűjtési folyamat ezt figyelembe véve veszi kezdetét. A hulladékot szelektíven gyűjtik, majd  szállítják el a Sziget területéről. A szervezők legfontosabb célkitűzése a fesztiválozók környezettudatos gondolkodásának kialakítása. Arra próbálják felhívni a figyelmet, hogy a hulladék érték, és hogy a fesztivál fesztivál végeztével is védjék a természetüket.

A fesztivál területén több hulladékcsere pontot helyeztek el. Ennek keretében a Coca-Cola és más szervezetek a hasznos hulladékért, vagy a saját termékeik visszaváltásáért cserébe a termékeikhez kapcsolódó ajándékokat adtak. Az üdítőital gyártó cég például a palackok beváltása után a szigetelőknek újrafelhasznált anyagokból készült fesztiválpárnát és más ajándékot adott. 

A Sziget egyik helyszínén, a Zöld Udvarban idén különböző társadalmi szervezetek ökolábnyom-számítással, fotókiállításokkal, zöld-totóval, kerekasztal-beszélgetésekkel várták a szigetelőket. Képviseltette magát a Harmónium Egyesület, amelynek szemléletformáló kampányok segítségével fő célja a fiatalok környezettudatosságának erősítése. Aprólépés címmel indított környezeti nevelési kampányuk a hulladék megelőzése és kezelése, valamint az energiatakarékosság kérdéseivel foglalkozik. A 2012-es Szigeten részt vett a Védegylet Egyesület is, akik a méltányos kereskedelemért kampányoltak, valamint a WWOOF Magyarország mozgalom, amely segítségével a fesztiválozók bio- és egyéb organikus kertészkedési, növénytermelési módszereket ismerhettek meg.